يقع مسجد طوكيو في حي شيبويا في قلب العاصمة اليابانية، وقد بني المسجد على الطريقة العثمانية وأحيانًا مايسمى بمسجد طوكيو أو بمسجد يويوغي كما يمكن لغير المسلمين التجول في المسجد حيث يقام به حلقات ودروس لغير المسلمين .
الموقع الاعلامي لمركز متابعة شوؤن المساجد (محراب)، ويرجع تاريخ بناء المسجد الى سنة 1938 ميلادية على يد بعض من المهاجرين إلى طوكيو من مدينة كازان التتارية هرباً بعد قيام الثورة الروسية والجدير بالذكر أنه تم إعاده بناء المسجد على الطراز العثماني القديم، مما جعله تحفة يزوره اليابانيون كل يوم للتعرف على الإسلام.
ويحتوي المسجد في جزء من طابقه الأول على عرض للتراث التركي للتعريف بها للزائر الياباني كذلك يسع المسجد إلى مايقارب ال 2000 مصلي ويوجد به مكان مخصص للنساء في طابقه العلوي.
ومحاولة لإسترضاء الاقلية المسلمة في اليابان، قدمت الدولة اليابانية منحة مالية ساعدت على قيام المسجد الذي كان بناءه آنذاك من الخشب حيث تدهور وضع المسجد مما أدى إلى إغلاقه سنة 1984 وتدميره سنة 1986 ميلادية. وأعيد بناءه بمنحة من الدولة التركية.
تمت عملية إعادة البناء في يوم 30 من شهر يونيو سنة 1998 وافتتح بعد سنتين من ذلك في يوم 30 من شهر يونيو من عام 2000 ميلادية وقد ساعد في بناء المسجد العديد من المهنيين والحرفيين الاتراك الذين تم ارسالهم من تركيا، الأمر الذي أضفى على المسجد الطراز العثماني القديم جاعلاً إياه حلة وتحفة جميلة في مدينة طوكيو.