پس از صدور حکم توسط رهبر معظم انقلاب، آیت‌الله مهدوی‌کنی با همکاری جمعی از علمای تهران به تأسیس مرکز رسیدگی به امور مساجد اهتمام ورزید و خود، ریاست آن مرکز را عهده‌دار شد و سپس آیت‌الله محمدباقر انواری را به عنوان قائم‌مقام آن مرکز منصوب کرد.
پایگاه تخصصی مسجد: ایام پایانی مهرماه از سویی مصادف است با سالروز تأسیس مرکز رسیدگی به امور مساجد در 30 مهرماه سال 68 و از سویی دیگر مصادف با سالروز رحلت نخستین رئیس این مرکز یعنی آیت‌الله مهدوی کنی در 29 مهرماه 93. نوشتار پیش‌رو مروری است بر چگونگی تأسیس مرکز رسیدگی به امور مساجد و نقش مهم و مؤثری که آیت‌الله مهدوی کنی به‌عنوان بنیانگذار و اولین رییس آن برعهده داشت:
از ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی، رسیدگی به امور مساجد به نهادهایی چون سازمان حج و اوقاف و امور خیریه، سازمان تبلیغات اسلامی و... واگذار شده بود و نیز اداره برخی از مساجد نیز از طرف رهبر انقلاب به نمایندگانی که از طرف خودشان تعیین می‌شد واگذار می‌گردید که این امر باعث چندگانگی مدیریت در امور مساجد شده بود.
از سویی درباره اداره امور مساجد، مراجعات زیادی به مقام معظم رهبری، علمای بزرگ تهران و کارگزاران نظام صورت می‌گرفت. متعاقب این مراجعات، ضرورت تأسیس مرکزی به این منظور احساس شد. «آیت‌الله مهدوی‌کنی» و «آیت‌الله محمدباقر محی‌الدین انواری»، پیشنهاد تأسیس مرکزی برای رسیدگی به امور مساجد تهران را با رهبر فرزانه انقلاب مطرح نمودند و ایشان با استقبال از این پیشنهاد، در تاریخ 30/7/68 در حکمی به آیت‌الله مهدوی کنی، خواستار تأسیس مرکزی با عنوان حقوقی «مرکز رسیدگی به امور مساجد» شدند. در این حکم آمده بود:
«مراجعات مکرر از سوی مرتبطین با مساجد، من‌جمله ائمه جماعات، گروه‌های بسیج، متولیان و متصدیان غیرهم، حاکی از فقدان مرکز و مرجع قابل قبول و آگاه و نافذالکلمه در امر مساجد یعنی اصلی‌ترین پایگاه دین و معنویت و اخلاق است. شک نیست که حفظ قداست مساجد و تقویت هماهنگ جنبه‌های معنوی و انقلابی و تعلیمی و تبلیغی آن، نیازمند سلامت و امنیت محیط آن و دورماندن از منازعات و مناقشات داخلی در آن است.»
سپس با اشاره به جایگاه آیت‌الله مهدوی کنی در جامعه روحانیت کشور، به معظم‌له مأموریت دادند تا «با تعیین مرکزی و نمایندگانی به مهمه مساجد پرداخته و در موارد لازم با کمک و حمایت از برنامه‌های اسلامی در مساجد و یا لدی‌الاقتضا با نصب امام جماعت و دیگر مسئولین مربوط به مساجد، به رونق و کارآیی و شکوفایی هرچه بیشتر این پایگاه‌های انقلاب و اسلام کمک نمایید.»
پس از صدور این دستور، آیت‌الله مهدوی‌کنی با همکاری جمعی از علمای تهران به تأسیس مرکز رسیدگی به امور مساجد اهتمام ورزید و خود، ریاست آن مرکز را عهده‌دار شد و سپس آیت‌الله محمدباقر انواری را به عنوان قائم‌مقام آن مرکز منصوب کرد.
این مرکز پس از تأسیس، مساجد تهران را تحت پوشش خود قرار داد و شروع به فعالیت در جهت سازماندهی امور مساجد نمود. این مرکز با هدف سیاست‌گذاری و برنامه‌ریزی کلان و سازماندهی، هماهنگی، هدایت و نظارت مساجد تشکیل گردید و سپس وظایف و اختیارات و نیز اهداف آن مرکز معین شد. از مهم‌ترین اهداف و سیاست‌های کلی مرکز رسیدگی به امور مساجد می‌توان به موارد ذیل اشاره کرد:
1. حفظ سلامت و امنیت مسجد و دورماندن از منازعات ملی و مناقشات داخلی
2. تقویت جنبه‌های معنوی، انقلابی، تعلیمی و تبلیغی مساجد
3. رونق و افزایش کارآیی و شکوفایی هرچه بیشتر مساجد
وظایف این مرکز نیز در همان ابتدای کار به قرار ذیل معرفی و اعلام شد:
1. انجام فعالیت‌های ویژه ستادی امور مساجد
2. عزل و نصب ائمه جماعت
3. رسیدگی به امور معیشتی نیروی انسانی
4. کمک به احداث، تعمیر و تجهیز مساجد
5. رسیدگی به دعاوی حقوقی
6. ایجاد هماهنگی بین مساجد به منظور افزایش توانایی فرهنگی و اجتماعی مساجد
7. برگزاری مراسم و مناسبت‌های ملی و دینی
8. برگزاری همایش‌ها و سمینارهای علمی و فرهنگی
9. کمک به برنامه‌های آموزشی و تبلیغی مساجد
تدوین اهداف،سیاست‌ها و نیز وظایف مرکز رسیدگی به امور مساجد توسط آیت‌الله مهدوی کنی همراه با دوراندیشی و آگاهی کامل به ویژگی‌های منحصر به فرد آن بوده است که می‌تواند سالیان متمادی به عنوان منشور مرکز رسیدگی به امور مساجد قرار بگیرید.
مدیریت این مرکز پس از آیت‌الله انواری به حجت‌الاسلام ابراهیمی سپرده شده و هم‌اکنون حجت‌الاسلام و المسلمین حاج‌علی‌اکبری، ریاست آن را برعهده دارد.