رئیس شورای ثبت آثار فرهنگی و تاریخی آذربایجان شرقی در فهرست آثار ملی گفت: گنبد‌های وسیع و بزرگ مسجد جامع فضای روحانی خاصی را در این بنا به وجود آورده و فضایی را القا می‌کند که گویی گنبد‌ها فرش را به عرش پیوند می‌دهند.
تراب محمدی معماری مسجد تاریخی جامع اهر را خاص و منحصر به فرد توصیف کرد و با اشاره به ابهت ۲۱ گنبد مسجد جامع اهر اظهار داشت: این مسجد از دو بخش قدیمی و جدید تشکیل شده که بخش قدیم آن در سال گذشته مرمت شده و بخش جدید الحاقی در حال مرمت و بازسازی است.
وی ادامه داد: بخشی از مسجد در دوران پهلوی فرسوده و تخریب شده بود که در دوران پهلوی مرمت شده و در کتیبه‌ای عملیات مرمت تشریح شده و بر سر در مسجد نصب شده است.
رئیس سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری استان افزود: بخش الحاقی که در پی مرمت و بازسازی‌های انجام شده دوره پهلوی اضافه شده بود حذف شده و مسجد مطابق طرح اولیه بازسازی شد.
محمدی با بیان اینکه بخش قدیمی مسجد از ۲۱ گنبد و ۱۲ ستون آجری، محوطه و حجره تشکیل شده است، یادآور شد: این مسجد متعلق به دوره سلجوقی بوده و در دوره‌های مختلف ایلخانی، اتابکان، صفوی، قاجار و پهلوی الحاقاتی انجام شد و به تعداد گنبد‌ها در طول دوره‌های متخلف اضافه شد.
وی ادامه داد: مسجد جامع تاریخی اهر ۲۱ گنبد و ۱۲ پایه آجری داشته که با توجه به معماری و خطوط باقی مانده روی دیوار‌ها دوره‌های مختلف الحاقی قابل تفکیک است.
محمدی با اشاره به اینکه سه گنبد در عرض و هفت گنبد در طول این مسجد وجود دارد، گفت: در سالهای گذشته مرمت‌های اساسی انجام شده و در حال حاضر عملیات مرمت دیوار‌ها، اصلاح محوطه، نماکاری و سفت کاری بخشهای الحاقی در حال اجراست.
رئیس شورای ثبت آثار فرهنگی و تاریخی استان با بیان اینکه مسجد جامع اهر از دو بخش زنانه و مردانه تشکیل شده که با درب کوچکی این دو بخش از یکدیگر مجزا شده که قسمت زنانه بخش کوچک‌تر و مسجد مردانه قسمت بزرگ‌تر است خاطر نشان کرد: این مسجد در گذشته مصلای شهر بوده و مورد استفاده بسیاری از شهروندان قرار می‌گرفت اما اکنون ویژگی تاریخی آن بیشتر مورد توجه است که پیش بینی می‌شود با اتمام عملیات بازسازی بار دیگر این مسجد همچون گذشته پویا و فعال شود.
وی اضافه کرد: مبلغی نزدیک به دو میلیارد ریال اعتبار برای مرمت مسجد جامع اهر پیش بینی شده بود که بخشی از آن محقق شده و همزمان با اجرای عملیات مرمتی مبالغ باقی مانده نیز به طرح مرمتی تزریق می‌شود.