به گزارش پایگاه تخصصی مسجد، مسجد امام حسین در سال ۵۵۳ هجری شمسی در دوران خلافت فاطمیان بنا شده است.
در درون این مسجد ضریحی قرار دارد که منتسب به محل دفن سر مبارک امام حسین بن علی (ع )است. سر مبارک امام پس از به شهادت رسیدن از بدن مطهر جدا و به شام منتقل شد اما در این مورد اختلاف نظر وجود دارد و مکان‌های گوناگونی در این مورد نام برده شده اند.
مطابق یکی از روایت‌ها خلفای فاطمی که پیرو مذهب شیعه اسماعیلی بودند در سال 548 هجری قمری، سر حسین بن علی را از دروازه فرادیس شام، به عسقلان و سپس به قاهره منتقل و بر آن مقبره‌ای بنا کردند.
مسجد امام حسین (ع) قاهره از مهم ترین و بزرگترین مساجد جهان اسلام و مصر بوده که کرسی تلاوت قاریان بزرگ و صاحب سبک است.
وزارت اوقاف مصر هر سال در روز عاشورا مسجد امام حسین (ع) در قاهره را به روی شیعیان می بندد و تنها برای نماز صبح و ظهر این مسجد را باز می کند.
وزارت اوقاف مصر مدعی است که دلیل تعطیلی مسجد امام حسین (ع) پرهیز از وقوع هر گونه مشاجره لفظی و درگیری بین سلفی‌ها و شیعیان است.
با وجود مانع تراشی‌های دولت مصر برای به جا آوردن مراسم عزاداری سالار شهیدان در قاهره، اما ده ها نمازگزار شیعه در پشت درهای مسجد امام حسین در انتظار باز شدن آن تجمع می کنند.
