دشمنان با توجه به ظرفیت‏ها و کارکردهاى مسجد و نقش عمیق و گسترده و تأثیرگذارى شگرف آن، براى ایجاد اختلاف و تفرقه در میان مسلمانان، علاوه بر روش مقابله مستقیم، به شیوه مذهب، علیه مذهب که ترفند دشمنان اسلام از دیرباز تا به امروز بوده، بهره جسته و یا اقدام به تأسیس مراکز دینى و یا مسجد مى‏نمایند. در طول تاریخ و حتى امروزه نیز در گوشه و کنار ایران و جهان این سنت سیئه ادامه داشته و دارد که هدف پلید آنان پاشیدن بذر تفرقه در میان مسلمانان مى‏باشد. چنان‏که فلسفه تأسیس مسجد ضرار در عهد رسول اللّه‏ همین بوده است.

عده‏اى از منافقین نزد رسول خدا  صلى‏الله‏علیه‏و‏آله آمدند و اجازه خواستند مسجدى نزدیک مسجد قبا در مدینه بسازند تا افراد ناتوان و بیمار و سالخورده در آن نماز بگذارند! آنان از پیامبر  صلى‏الله‏علیه‏و‏آله که عازم جنگ تبوک بود، خواستند که در مسجدشان نماز بگذارد! در بازگشت از جنگ تبوک نیز قبل از ورود رسول‏خدا  صلى‏الله‏علیه‏و‏آله به مدینه، به استقبال حضرت آمده و درخواست نمودند که پیامبر  صلى‏الله‏علیه‏و‏آله به مسجد آنان برود. جبرئیل بر پیامبر  صلى‏الله‏علیه‏و‏آله نازل شد و پرده از کار آن‏ها برداشت و نیت شوم آنان را بیان داشت. پس از آن پیامبر دستور داد مسجد مزبور را آتش زده و بناى باقى‏مانده آن را ویران نمایند و جاى آن را محل ریختن زباله‏هاى شهر قرار دهند! در این رابطه قرآن مى‏فرماید: « وَ الَّذِینَ اتَّخَذُوا مَسْجِداً ضِرَاراً وَکُفْراً وَتَفْرِیقاً بَیْنَ الْمُؤْمِنِینَ وَإِرْصَاداً لِمَنْ حَارَبَ اللّهَ وَرَسُولَهُ مِن قَبْلُ وَلَیَحْلِفُنَّ إِنْ أَرَدْنَا إِلاَّ الْحُسْنَى وَاللّهُ یَشْهَدُ إِنَّهُمْ لَکَاذِبُونَ»؛ گروهى دیگر از مخالفان، کسانى هستند که مسجدى ساختند به قصد اضرار به مسلمین و تقویت کفر و ایجاد تفرقه میان مؤمنان و کمین‏گاهى براى کسانى که با خدا و پیامبرش از قبل مبارزه کرده بودند و آن‏ها سوگند یاد کرده‏اند که انگیزه‏اى جز نیکى و خدمت نداشته‏ایم، اما خداوند گواهى مى‏دهد که آن‏ها دروغگویند.