شهر قدس در طول 35 درجه و سیزده دقیقه شرقى گرینویچ و عرض 31 درجه و 47 دقیقه شمالى قرار دارد. این شهر در سلسله تپه‏هایى که دامنه‏هاى آن از غرب به شرق امتداد یافته‏اند، واقع است. ارتفاع آن از سطح دریا بین 72 و 830 متر و فاصله آن از دریاى مدیترانه 52، از دریاى سیاه 22 و از دریاى سرخ 250 کیلومتر مى‏باشد.

راه‏هایى که قدس را به دیگر شهرهاى فلسطین و کشورهاى عربى متصل مى‏کند عبارتند از: عکا (150 کیلومتر)، نابلس (65 کیلومتر)، الخلیل (36 کیلومتر)، یافا (62 کیلومتر)، غزه (92 کیلومتر)، عمان (88 کیلومتر)، دمشق (290 کیلومتر)، بیروت (388 کیلومتر)، قاهره (528 کیلومتر) و بغداد (865 کیلومتر).

اکتشافات باستان‏شناسان نشان مى‏دهد که هسته اصلى (موقعیت) شهر قدس روى تپه‏هاى «ضهور» (طور یا تپه اوفل) ـ که از جنوب شرقى قدس شریف، مشرف بر روستاى سلوان است و مساحت آن حدود 55 هکتار مى‏باشد ـ قرار دارد. ساکنان این منطقه آب مورد نیاز خود را از چشمه «ام درج» واقع در ناحیه شرقى تپه‏هاى ضهور فراهم مى‏کنند. امروزه مناطقى همچون ارتفاعات بیت زیتون (بزیتا) در شمال شرقى، و ارتفاعات حرم (مدریا) در شرق و ارتفاعات صهیون در جنوب غربى در داخل محوطه‏اى قرار دارند که به قدس قدیم معروفند. مساحت آن حدود یک کیلومتر و اماکن مقدسه ادیان سه‏گانه در آنجا واقع است.

قدس از موقعیت استراتژیکى و جغرافیایى خوبى برخوردار است و خطوط دفاعى طبیعى، این شهر را در موقعیت مناسبى قرار داده است. اطراف شهر را دشت‏هایى فرا گرفته است؛ از جمله دشت جهنم در شرق، که به دشت سلیمان نیز معروف است، دشت یهوشافات، دشت مریم و دشت جبانین در غرب و دشت ربابه در جنوب و جنوب غربى. از ناحیه شمال نیز یک زمین صاف و هموار به قدس شریف متصل مى‏شود. از این رو، تمامى حملات نظامى در ناحیه شمال قدس صورت گرفته است و این شهر نیز حملات نظامى خود را از این منطقه آغاز مى‏کرده است. فاتحان این شهر نیز از ناحیه شمال وارد این شهر مى‏شدند؛ بخت‏النصر و اسکندر و بومبى و عمر بن خطاب هنگام فتح این شهر، از ناحیه شمال وارد آن شدند.

از سوى دیگر، عامل طبیعى شهر قدس، از آن قلعه محکمى ساخته که اطراف آن را کوه‏ها احاطه کرده‏اند. این کوه‏ها داراى ویژگى‏هاى خاص هستند؛ مدافعان را از حمله دشمنان با خبر ساخته و فرصت کافى را براى آن‏ها فراهم مى‏کنند تا ساکنان بتوانند پیش از رسیدن دشمن به شهر، با آنان روبه‏رو شوند. جبل‏الزیتون در ناحیه شرقى آن قرار دارد و از ناحیه غرب نیز سلسله جبال اطراف شهر را احاطه کرده است. مرتفع‏ترین آن‏ها کوه ساموئل نبى مى‏باشد که مشرف بر سرازیرى‏هاى غربى و چشم‏انداز سواحل (مناطق ساحلى) فلسطین است. کوه مشارف (سکوبس)، که از ناحیه شمالى قدس مشرف بر منطقه‏اى است که به رام‏اللّه‏ منتهى مى‏شود، به دلیل چشم‏انداز و منظرگاه زیباى شهر به این نام معروف گشته است. طور، دریاى سیاه و منطقه کرک نیز این ارتفاعات مشاهده مى‏شوند. اما مرزهاى جنوبى نیز بر روى کوه مکبر که مشرف بر منطقه جنوبى و بیت‏لحم است، قرار گرفته است. چون عمر بن الخطاب به مدت یک ساعت روى این کوه ایستاد و نواى اللّه‏ اکبر سر داد، این کوه به نام «مکبر» معروف گشت.

با ازدیاد جمعیت، شهر نیز به موازات آن گسترش پیدا کرد، ساختمان‏ها به خارج از محدوده شهر امتداد یافتند و محله‏هاى زیبایى که به قدس جدید معروف گشتند، تأسیس شدند. به علاوه، توابع جدیدى نیز به شهر ملحق گردیدند. روستاهایى مانند شعفاط، بیت حنینا، سلوان، عین کارم، دیریاسین و قسطل، از جمله توابع قدس قدیم به‏شمار مى‏روند. بر روى آن کوه‏ها محله‏هاى زیبایى ساخته شد؛ مثل محله مشارف (مشرف بر کوه مشارف)، محله قطمون (مشرف بر کوه قطمون) و محله مکبر (نزدیک کوه مکبر).