در شهر تاریخى نیشابور از اوایل قرون هجرى تا قرن ششم و یا حتى پیش از حملات ویرانگر اقوام بیابانگرد مغول، مساجدى فعال و متعدد وجود داشتهاند که از جمله مىتوان به مسجد جامع منیعى، مسجد جامع عتیق، مسجد خان الفرس، مسجد خبازى، مسجد الصرافین (اصفهانى)، مسجد عقیل و مسجد نوقانى اشاره نمود. با بررسى تاریخ نیشابور، به نقش این مساجد علاوه بر یک پایگاه عبادى و معنوى پى مىبریم. در اینجا به سه مورد از مهمترین آنها اشاره مىشود:
2.مسجد عتیق یا مسجد جامع نیشابور
این بنا که در حال حاضر هیچ اثرى از آن در دست نیست، توسط ابومسلم خراسانى ساخته شده و تاریخنگاران بسیارى از این جامع یاد کردهاند. براساس این نوشتهها، جامع بسیار بزرگى بوده که در سى هزار متر زمین با هزار ستون ساخته شده و در میانه سرا داراى حوض و یخچال بوده است. همچنین در آن بناى کوچکترى با دوازده ستون و پایه بوده که شش ستون آن، مرمرى، دو ستون آن چوبى و چهار تاى دیگر، آجرى بوده است. این بخش داراى گنبدى مُذهب به بیست هزار مثقال طلا بوده است. این مسجد داراى منارى کوتاه بوده که در زمان منصور بن طلحة بن طاهر، برادرزاده عبداللّه بن طاهر (حاکم نیشابور) منار قوىتر و بلندترى جایگزین آن شده است. عمرولیث صفارى، در زمان حکومت خود منار را برانداخت و منار دیگرى جایگزین آن کرد و نام و لقب خود بر آن نگاشت. سپس خمارتگین، بر جاى منارههاى مزبور، منارى ساخت که نظیر نداشت. این منار چنان بلند بود که با قوه باد تکان مىخورد، بدون آن که آجرى از آن بیفتد. این مسجد همچنین داراى منبرى بسیار بلند و باشکوه بود.
مسجد مذکور نقش عمدهاى در گسترش علوم اسلامى ایفا کرده و به عنوان کانونى برجسته در شرق اسلامى تا قرن پنجم محسوب شده است، به طورى که مؤلف تاریخ نیشابور نام بسیارى از افراد مبرز را که در این مسجد تحصیل کرده و یا تدریس نموده و یا در آن مجلس وعظ و خطابه داشتهاند ذکر کرده است، از جمله: ابوالحسن الاسماعیلى السراج، ابو حامد الکرابیسى القاضى (متوفى 474 ه ق)، ابوبکر بن خلف شیرازى (متوفى 487 ه ق)، ابومحمد الحیرى البزاز (متوفى 473 ه ق)، اسماعیل بن احمد الکرمانى، ابوابراهیمسراجى(متوفى485 هق)، شعیب بن محمد بن عفر حنیفى واعظ، ابومحمد المطوعى، عبداللّه بن ابىسهل قارى مؤذن، عبدالرحمن بن حمدان بن محمد بن حمدان نصروى (متوفى 433 ه ق)، عبدالرحمن بن جنید ابونصر حاکم حنیفى، عمر بن محمد بن احمد بن جعفر ابوعبدالرحمن بحیرى (متوفى 456 ه ق) و نیز خانمى بهنام نمار دختر ابىحسین احمد بن عبدالرحمن کیال.
جامع نیشابور کتابخانه ارزشمندى داشته است. یاقوت حموى در این باره آورده است: در جامع قدیم نیشابور کتابخانهاى موقوفه مخصوص مسلمانان وجود داشت که در قرن پنجم فراهم آمده بود. وى کتابهاى کتابخانه این مسجد را نفیس و نادر توصیف نموده است. گزارش یاقوت پیش از ورود مغولان به این شهر و ویرانى آن به دست این قوم مهاجم بوده است.
همچنین مؤلف معجم الادباء در شرح حال محمد بن اسحاق بن على بن داود زوزنى (متوفى 463 ه ق) به نقل از عبدالغافر بن اسماعیل بن عبدالغافر فارسى (متوفى 529 ه ق) که کارش استنساخ کتاب بوده و مطالب نسخهاى را که از روى کتاب غریب الحدیث خطابى نوشته بود، براى جدش عبدالغافر فارسى و الحاکم قرائت کرده تا آنان بشنوند و به تصحیح و تدقیق آن بپردازند، چنین نوشته است: «سوگند مىخورم به خدا که از کتاب غریب الحدیث نسخهاى روشنتر و جالبتر از نسخه عبدالغافر باقى نمانده است. این نسخه هماکنون در اختیار گنجینه کتب موجود در مسجد جامع قدیمى شهر قرار گرفته تا وقف بر مسلمین باشد و کسانى که بخواهند به درستى ادعاى من پى ببرند باید به تحقیق و بررسى در مورد آن بپردازند. با توجه به گزارش یاقوت، عظمت و غناى فرهنگى جامع عتیق نیشابور در آن زمان بر ما آشکار مىشود.
2. مسجد جامع عقیل
از دیگر مساجد نیشابور که در قرون اولیه اسلامى علاوه بر اینکه مرکز مهم عبادى این شهر بود، از جمله نهادهاى آموزشى هم به حساب مىآمد، مسجد جامع معروف به عقیل بود که بعدها جایگاهى بهنام مدرس و مدرسه به آن افزوده شد و شخصى به نام مسعود بن ناصر شجرى (متوفى 477 ه ق) بنیان این مرکز علمى را گذاشت و کتابخانهاى نیز در آنجا بنیاد نهاد. تعداد دانشآموختگان و مدرسان این مسجد کم نبوده است و مسلماً از مناطق مختلف جهان اسلام هم در آن آمد و شد نموده و به فراگیرى، املاء و استماع مسایل، احکام و اخبار روى مىآوردهاند. در المنتخب من سیاق تاریخ نیشابور نام برخى افرادى که در این مسجد تعلیم دیده و یا تعلیم دادهاند آمده است؛ از جمله محمد بن احمد بن محمد بن جعفر الفامى شادیاخى (از مشایخ علماى نیشابور)، ابراهیم بن محمد بن ابراهیم بن مهران معروف به امام ابواسحاق اسفراینى، اسماعیل بن عبدالغافر بن محمد فارس معروف به ابوعبداللّه فارسى، حسین بن محمد بن محمود مشهور به ابوسعید بن سوره، عبدالقاهر بن طاهر بن محمد معروف به ابومنصور بغدادى (از علماى مبرز در علوم مختلف مانند فقه، اصول، ادبیات و حساب) و همچنین مصنف کتاب تاریخ نیشابور یعنى الشیخ امام الحافظ مجدالدین ابوالحسن عبدالغافر بن اسماعیل فارسى (متوفى 529 ه ق).
در منابع متعددى از کتابخانه عظیم این مسجد نام برده شده است. بانى کتابخانه مسجد عقیل مسعود بن ناصر بن ابىزید شجرى (سجزى) مکنى به ابوسعید، محدث و جهانگرد شهیر اهل سیستان بوده است. این مرد مدتى در بغداد ساکن بوده و نزد شیوخ حدیث تلمذ کرده و نیز براى اخذ حدیث به واسط، هرات، نیشابور، سیستان و برخى نقاط دیگر مسافرت نموده است. ابنجوزى در المنتظم درباره وقف کتابخانه این شخص به مسجد عقیل نیشابور آورده است:
[مسعود بن ناصر] کتابهاى زیادى و نسخههاى نفیسى را گردآورى کرده، وى خوشنویس و در نقل مطالب امین بود، حافظ حدیث و کاتبى مورد اعتماد و کثیرالضبط بود. نظام الملک وى را براى مدتى در ناحیه بیهق نگه داشت و سپس براى استفاده علمى از وى، او را به طوس برده و بعد در آخر عمرش به نیشابور نقل مکان کرد و در آنجا سکونت گزید. وى کتابهایش را در آنجا وقف مسجد عقیل نمود.
متأسفانه کتابخانه عظیم این مسجد در فتنه نیشابور نابود شد و به تاراج رفت. در این باره آمده است: پس از آن همه کشتار و خرابى ناشى از حمله غزان، بین علویان و شافعیه چنان فتنه عظیمى بروز کرد که بسیارى از شافعیه کشته شدند، خانه امامالحرمین و بازارها و مساجد بسیار طعمه حریق گردید و دروس شافعى در نیشابور تعطیل شد. پس از آن «مؤید آى به» در ربیعالاخر 556 ه ق به نیشابور تاخت و جمعى از اهل فساد و کسانى را که مرتکب غارت و تخریب شده بودند بکشت. در این وقایع نیشابور بکلى ویران گردید و مسجد عقیل که مجمع اهل علم بود با کتابخانه معظم آن و هشت مدرسه از حنفیه و هفده مدرسه از شافعیه بکلى خراب شده، پنج کتابخانه به تاراج رفت و کتابهاى آن به ناچیزترین بها به فروش رسید.
3. مسجد جامع منیعى
از دیگر پایگاههاى علمى مطرح در خراسان و نیشابور مسجد جامع منیعى بوده است. در این نهاد عبادى مجالس درس و بحث و حلقههاى علمى که در آن استاد و شاگرد به تدریس و تحقیق و تعلیم و تعلم مشغول بودهاند رواج و رونق داشته است. این مسجد را که در مقابل جامع عتیق، جامع جدید هم نامیدهاند، بعید نیست که جایگاه آن همین مسجد جامع فعلى نیشابور باشد که بعدها در سال 899 ه ق توسط پهلوان على بن بایزید معاصر سلطان حسین بایقرا مجدداً ساخته شده است. به هر حال، در قرن پنجم و ششم نیز این جامع به عنوان یک کانون برجسته و فعال علمى و آموزشى به حساب آمده است. استاد جلالالدین همایى، جامع منیعى راازبناهاى ابوعلى حسان بن سعد نیشابورى متوفى 463 ه ق مىداند.
برخىعالمانومتعلمانجامع منیعى عبارتند از: محمد بن عبدالجبار بن على معروف به امام ابوالقاسم الاسکاف اسفراینى، محمد بن اسماعیل بن احمد حسنویه معروف به ابوعبداللّه مقرى (متوفى 486 ه ق)، محمد بن عبدالرحمن ابوالفضل العمید الخشاب (متوفى493 ه ق)، محمد بن عبداللّه بن طاهر الروقى طوسى، احمد بن محمد بن اسماعیل مشهور بهابوالحسن شجاعى(متوفى490 ه ق)،اسماعیلبن عمر بن محمد معروف بهابوسعید بحیرى، اسحاق بن ابوسعید بن حمود صوفى مشهور به ابوالقاسم مقرى، اسعد بن حمود بن على عتبى کاتب، حسان بن سعید مشهور به ابوعلى منیعى، عبداللّه بن احمد شافعى سمسار معروف به ابومحمد مصاحفى جامعى و تعداد قابل توجه دیگرى که نام و نسب و موقعیت علمى آنها در برخى منابع مانند تاریخ نیشابور ذکر شده است و در حقیقت، مبین جایگاه والاى نهاد علمى و عبادى منیعى در آن روزگار خراسان و نیشابور است.