بعد از کارکرد نیایشى، قوى‏ترین کارکرد مساجد در طول تاریخ، کارکرد آموزشى آنهاست. این کارکرد بالاخص در دوران قبل از پیدایى نهادهاى مدرن بسیار پررنگ شده است، به‏گونه‏اى که در اکثر جوامع مسلمان مجموعه‏ى تعلیم و تربیت حول محور مساجد شکل گرفته بود.

در روایتى رسول اکرم صلى‏الله‏علیه‏و‏آله مى‏فرماید: «هر نشستى در مسجد بیهوده است، مگر اینکه براى سه کار باشد: خواندن قرآن، ذکر خدا، سؤال از علم و دانش».[1] ما در تاریخ نیز مى‏خوانیم که پیامبر در مسجد خویش آیه‏هاى قرآن، احکام و معارف دینى و حتى مسائل تاریخى را به مردم آموزش مى‏داد. جلسات آموزش نیز با نبود آن حضرت ادامه مى‏یافت؛ زیرا استاد ومدرس کلاس‏هاى آموزشى مسجدالنبى، فقط پیامبر نبود. افراد دیگرى نیز که از صلاحیت‏هاى علمى لازم برخوردار بودند، اداره‏ى این جلسات را بر عهده داشتند: عبداللّه‏ بن رواحه که شخصیتى علمى بود جلسات مربوط به توحید و معاد و مسائل اعتقادى را اداره مى‏کرد.

آن حضرت در باره‏ى چنین مجالسى مى‏فرمود: من نشستن در چنین مجالسى را بر نشستن در جلسات دعا و نیایش که در گوشه‏اى دیگر از مسجد برپا بود، ترجیح مى‏دهم، زیرا من براى آموش و تعلیم مردم به پیامبرى مبعوث شده‏ام.

«تا آغاز قرن چهارم اسلامى، غالبا مساجد در غیر اوقات نماز حکم مدارس را داشت و بعدا مراکز آموزشى، صورت خاصى به خود گرفت. بسیارى از بزرگان علم و دانش دانش‏آموختگان حلقه‏ى درس کلاس‏هایى بودند که در مساجد برگزار مى‏شد.

حتى بعدها که مراکز تحصیلى از مساجد به مدارس منتقل شد، مدارس در جنب مساجد ساخته مى‏شد و از این طریق پیوند ناگسستنى دین و علم به نمایش گزارده مى‏شد. آرى، مسجد همواره آموزشگاه مبانى دینى و معارف اسلامى بوده است. از این رو مسجدى که امروز نقش مؤثر خود را در زمینه‏هاى فرهنگى، آموزشى ایفا نکند در حقیقت از اداى بخشى مهم از رسالت خود بازمانده است».[2]

«مساجد از حیث آموزشى سه شکل کاملاً متمایز از یکدیگر اتخاذ کردند. شکل نخست، آن بود که بسیارى از مساجد با محدود کردن دایره‏ى آموزشى خویش به آموزش عمومى و ابتدایى در حد قرائت قرآن اکتفا کنند. شیوه‏هاى آموزشى در این مکتب‏ها کاملاً سنتى است... شکل دوم مدرن است به این معنا که محلى در مسجد به عنوان کتابخانه در نظر گرفته مى‏شود. جوانان و نوجوانان و کودکان مسلمان به شکل گروهى از آموزش هاى ابتدایى (که از قرآن آغاز شده و به حدیث، اعتقادات و احکام مى‏رسد) برخوردار مى‏شوند. در این شکل... مسجد کلاس‏هایى با صندلى و تخته سیاه دارد و حتى از ابزارهاى نوین سمعى بصرى براى آموزش در آنها استفاده مى‏شود.

شکل سوم ارتقاى مسجد تا حد دانشگاه است. برخى از مساجد در جهان اسلام تعلیم و تربیت بدنى در سطوح عالى را نیز برعهده گرفته‏اند. در سال 1961 م مسجد الازهر در قاهره به دانشگاهى اسلامى تبدیل شد که همانند دانشگاه‏هاى جدید، دانشکده‏هاى بسیارى دارد و از حیث دانشکده هاى فقه و کلام اسلامى شهرت دارد».[3]

از دل چنین تلاش‏هایى علوم بسیارى منبعث از منابع اسلام سرچشمه گرفت. علومى چون فقه، اصول، کلام و فلسفه اسلامى و غیره نقطه‏ى عطف در ایفاى نقش آموزشى مساجد در طول تاریخ، دوران زندگانى دو امام شیعیان، یعنى امام محمد باقر و امام جعفر صادق علیهماالسلام است. این دو امام با اغتنام فرصت به دست آمده در کشاکش تحولات سیاسى بین امویان و عباسیان دست به پرورش شاگردان بسیارى در علوم گوناگون زدند که پایگاه عرضه‏ى این آموزش مساجد بودند. در تاریخ شمار شاگردان امام صادق حتى تا عدد چهار هزار تن ذکر گردیده است. این دو امام بزرگوار پدید آورنده‏ى طبقه‏اى جدید به نام طبقه‏ى علماى اسلام هستند.

مساجد از رهگذر کارکرد آموزشى خویش سهمى بسیار مهم در فرهنگ و تمدن اسلامى ایفا کردند.

«چون مسلمانان مسجد را محیط آموزشى ساخته بودند به تبع، کتابخانه‏هایى در آن به وجود آمد. اگرچه اکثر کتابخانه‏هاى مساجد معمولى بودند، ولى بعضى از مساجد بزرگ مجموعه‏هایى کامل از کتاب‏هایى داشتید که در امپراتورى اسلام شهرت فراوانى کسب کردند. دانشمندان و دانشجویان نه فقط آزادانه از این کتابه‏ها استفاده مى‏کردند، بل براى آنها سخاوتمندانه غذا، مسکن، وسایل نگارش و دیگر خدمات نیز فراهم مى‏شد... گفته مى‏شود که دیوان و کتاب‏هاى شعر هشتاد طایفه در مسجد کوفه نگهدارى مى‏شد... البته در میان شیعیان به سبب آنکه امامان شیعه به ویژه امام صادق به علوم گوناگون احاطه داشتند، کتاب‏نویسى و کتاب‏خوانى به رشته‏هاى گوناگون علوم قرآنى، علوم اجتماعى و فلسفى، علوم طبیعى کشیده شد. در سلسله‏ى عباسیان نهضت ترجمه‏ى آثار یونانى به عربى به راه افتاد و ائمه‏ى شیعه نیز در جلوگیرى از القائات سوء و افکار باطل ترجمه شده به عرضه‏ى افکار مترقى و عالى مى‏پرداختند».[4]

با غنى تر شدن علوم اسلامى و تخصصى شدن آنها، آموزش تخصصى علوم اسلامى در اغلب موارد به مدارس ساخته شده در جنب مساجد منتقل شد.

در دوران معاصر «با شکل‏گیرى دولت و ملت‏هاى جدید در جوامع اسلامى یا تحول در ساختار حکومتى ملت‏هاى کهن، حکومت‏ها به تاسیس نهادهاى آموزشى جدید پرداختند. این امر خود به خود برآموزش در مدارس و مساجد تأثیر گذارد. دو واقعیت نیز در این میان خودنمایى کرد: توسعه‏ى اقتصادى (البته نیاز به نیروهاى متخصصى که آموزش سنتى نمى‏توانست چنین محصولاتى داشته باشد) و تحولات اجتماعى ناشى از تماس با غرب (ظهور نقش‏هاى جدید که آموزش‏هاى تازه‏اى مى‏طلبید). در این نظام آموزشى جدید، حتى آموزش‏هاى دینى تا حد تعلیمات دانشگاه پیش‏بینى شد تا مجموعه‏ى آموزش‏هاى سنتى ناکارکرد شوند. عاملى که باعث تداوم آموزش سنتى مى‏شد آن بود که تبلیغ و دعوت دینى به نیروهاى آموزش دیدهاى نیاز داشت که نهادهایى مثل وقف یا تمهیداتى مثل خمس هزینه‏هاى آن را تأمین مى‏کرد و مستقل از دولت بودند».[5]